PT Perikanan Nusantara (Persero) dibentuk berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 21 Tahun 1998 dan merupakan hasil penggabungan dari empat BUMN yang bergerak di bidang perikanan, yaitu PT Usaha Mina (Persero), PT Perikani (Persero), PT Tirta Raya Mina (Persero), dan PT Perikanan Samodra Besar (Persero). Penggabungan tersebut dilakukan melalui Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) Luar Biasa pada tanggal 27 Oktober 2005 dan dinyatakan dalam Akte Notaris Nomor 8 dan Nomor 9 tanggal 8 Mei 2006 yang dibuat dihadapan Notaris Muhammad Hanafi, SH di Jakarta. Perusahaan telah terdaftar secara resmi sejak keluarnya Keputusan Menteri Hukum dan HAM Nomor C-16842.HT.01.04. Tahun 2006 tanggal 9 Juni 2006. Kompleksitas permasalahan empat Badan Usaha Milik Negara (BUMN) Perikanan sebelumnya merupakan suatu pembelajaran yang sangat berharga untuk tidak terulang kembali bagi PT Perikanan Nusantara (Persero) saat ini maupun yang akan datang. Kegagalan perusahaan pada dasarnya terjadi karena “Mismanagement” dalam pengelolaan aset (tangible & intangible aset) termasuk sumber daya manusia (SDM) dan liabilitas (kewajiban/hutang). Disadari pula, adanya kelemahan dan permasalahan saat proses maupun pasca penggabungan menjadi PT Perikanan Nusantara (Persero), merupakan kendala dalam penyehatan perusahaan.